インフルエンザで社員が休むとき、休業手当（会社の都合で休ませた期間に払う手当）が要るかどうかは、本人が自主的に休むのか、会社の判断で休ませるのかで分かれます。ただし、季節性インフルエンザについて厚生労働省が直接述べた資料は、確認できた範囲では見当たらず、この記事は新型コロナなどのQ&Aの考え方を当てはめた整理です。
前提：休業手当が要るのは「使用者の責に帰すべき事由」の休業
労働基準法第26条は、使用者の責に帰すべき事由による休業の場合、休業期間中、平均賃金の100分の60以上の手当を支払うよう求めています。
厚生労働省の「新型コロナウイルスに関するQ&A（企業の方向け）」（令和7年4月25日更新）によると、「使用者の責に帰すべき事由」とは、企業の経営者として不可抗力を主張し得ないすべての場合です。不可抗力とは、次の2つをどちらも満たすものをいいます。
- 原因が事業の外部から発生した事故であること
- 通常の経営者として最大の注意を尽くしても避けられない事故であること
平均賃金は、原則として、算定すべき事由が起きた日の前3か月間の賃金総額を、その期間の総日数で割った金額です（第12条第1項）。同Q&Aによると、パートやアルバイト、有期契約、派遣の人も、労働基準法上の労働者であれば休業手当の対象です。
この記事が拠り所にするのは、新型コロナのQ&Aと、2009年の新型インフルエンザのQ&Aの、病名によらない部分です。個別のケースの結論は、事情を総合して判断されます。
本人が自主的に休む場合
新型コロナのQ&Aは、感染した、または発熱などの症状がある労働者が自主的に休む場合は、通常の病欠と同様に取り扱い、病気休暇制度（事業場で任意に設ける休暇）を活用することなどが考えられるとしています。
2009年の新型インフルエンザのQ&Aも、新型インフルエンザかどうか分からない時点で、発熱などの症状があるため労働者が自主的に休む場合は、通常の病欠と同様に取り扱えば足りるとしています。
会社の判断で休ませる場合
両方のQ&Aは、症状があることだけを理由に一律に休んでもらうなど、使用者の自主的な判断で休業させる場合は、一般的には「使用者の責に帰すべき事由による休業」に当たり、休業手当の支払いが必要だとしています。
この考え方を季節性インフルエンザに当てはめると、会社の判断で休ませる場合は、休業手当の支払いが必要になることがあります。
なお、休業手当の支払いが不要な場合でも、新型コロナのQ&Aは、労使の話し合いのうえ、就業規則等で、休業させたことに対する手当を定めることが望ましいとしています。
年次有給休暇と、感染症法の就業制限
- 年休：年次有給休暇は、労働者の請求する時季に与えるものです（労働基準法第39条第5項）。両方のQ&Aは、使用者が一方的に取得させることはできないとしています。本人が請求して年休で休むことは可能です。
- 感染症法の就業制限：同法第18条の就業制限の対象は、一類から三類の感染症の患者と、新型インフルエンザ等感染症の患者などです。季節性インフルエンザは五類感染症（第6条第6項第1号）なので、この就業制限の対象ではありません。
参考：2009年の新型インフルエンザのQ&Aでは
2009年の新型インフルエンザ（A/H1N1）のQ&A（平成21年10月30日）には、次の記述があります。感染して医師等の指導で休業する場合は、一般的には使用者の責に帰すべき事由に当たらず、休業手当は不要とされています。一方、医師による指導等の範囲を超えて（外出自粛期間経過後など）休業させる場合は、一般的に使用者の責に帰すべき事由に当たり、休業手当が必要とされています。
ただし、これは当時の保健所の要請等を前提にした記述で、同Q&A自身が、状況によって変わる可能性があると断っています。季節性インフルエンザにそのまま当てはまると読むことはできません。
同Q&Aには、休業手当が不要とされる場合でも、自宅勤務などで働かせることができるのに、休業を避ける最善の努力を尽くしていないと認められれば、休業手当が必要になることがある、という注記もあります。
休業手当の一般的な考え方は、厚生労働省「労働基準法Q&A」の「会社の都合で仕事を休まされている。」で読めます。本文の新型コロナ（企業の方向け）も同省の資料です。
